Pesquisadores da UFSC (Universidade Federal de Santa Catarina) comprovaram que a variante Ômicron da Covid-19 circula no estado desde o início de dezembro, ou seja, antes mesmo da confirmação oficial do primeiro caso em 21 de dezembro de 2021.
A descoberto foi possível através do projeto de sequenciamento do genoma do SARS-CoV-2 coordenador pelo professor Glauber Wagner, do Laboratório de Bioinformática do Departamento de MIP (Microbiologia, Imunologia e Parasitologia).
Ao longo do períodos, foram avaliados mais de 1,8 mil amostras de 157 municípios que confirmaram a presença de cinco variantes: Alfa, Beta, Gama, Delta e Ômicron.
O projeto está próximo da segunda fase fase que deve analisar até 539 amostras até o fim deste mês, totalizando 2,4 mil genomas sequenciados em cerca de seis meses.
Anteriormente, a alta transmissibilidade da Ômicron ficou evidente para os pesquisadores. Enquanto na segunda semana de dezembro ela representava menos de 4% das amostras sequenciadas, na última semana do ano esse índice chegou a 80%.
“Em 15 dias, a Ômicron dominou completamente o cenário em Santa Catarina. Ela inverteu o cenário das variantes, reduzindo drasticamente os casos da Delta”, salienta Glauber.
Conforme a pesquisa, na segunda semana de janeiro, já representava 99% das amostras e, duas semanas depois, chegou a 100%. No final de janeiro e início de fevereiro, foram detectados, ainda, quatro casos da BA.2, uma sublinhagem da Ômicron.
O coordenador do projeto destaca que o estudo possibilitou acompanhar em tempo real a mudança de comportamento ao longo da pandemia e como uma variante foi predominando no lugar da outra.
“A Gama primeiro, em grande proporção, depois, vem a Delta ao longo do ano. Depois some a Delta, vem a Ômicron, e agora já temos a BA.2 presente. A gente vai ter que acompanhar as próximas semanas para ver o comportamento dessa variante, em especial pós-período de Carnaval”, relata o pesquisador.
De acordo com o boletim de vigilância genômica da SES (Secretaria de Estado da Saúde), atualizado no dia 2 de fevereiro deste ano, a Ômicron se tornou a principal variante em janeiro de 2022. Sendo assim, segue o mesmo fluxo apresentado pelos pesquisadores da UFSC.
Ainda de acordo com o grupo de pesquisa, acompanhar as novas mutações e saber quais variantes e genótipos virais estão circulando é fundamental para a gestão da pandemia e implementação de políticas públicas de saúde.
Foi exatamente a chegada da variante Ômicron que possibilitou que o projeto fosse prorrogado e aumentasse o número de sequenciamento semanal.
“Esse aumento semanal acabou gerando uma aceleração na geração de dados do projeto: atingiremos este quantitativo de amostras até o final de abril”, afirma Glauber.
Em cerca de quatro meses, já foram sequenciadas 1.861 amostras – nove vezes mais do que foi sequenciado em todo o primeiro ano do projeto.
Primeira e segunda ondas
Na primeira etapa do projeto, foram sequenciadas 203 amostras coletadas de março de 2020 a abril de 2021. Em um artigo publicado no último domingo, 27 de março, na revista científica Viruses, os pesquisadores apresentam o resultado da análise dessas sequências e de outras 527 coletadas no mesmo período e disponibilizadas em uma base de dados pública (Gisaid).
O estudo mostra que 23 diferentes variantes circularam por Santa Catarina ao longo do primeiro ano da pandemia, um perfil que, segundo Glauber, foi muito parecido com o que se observou pelo Brasil.
A distribuição geográfica das variantes ao longa da segunda onda chamou a atenção dos cientistas. Entre janeiro e março de 2021, duas sublinhagens da variante Gama dominaram Santa Catarina.
A linhagem original foi a predominante em quase todas as regiões. A exceção foi o Oeste de Santa Catarina, por onde se espalhou principalmente a sublinhagem P.1-like-II.
Neste mesmo período, a região apresentou os maiores índices de mortes por caso. Apesar disso, o coordenador Glauber Wagner afirma que ainda não é possível confirmar que a variante é exclusivamente a causadora do índice elevado ou que é o único motivo.
“É um fato interessante que a variante tenha circulado mais predominantemente naquela região naquele período. Depois essa variante acabou reduzindo sua frequência, e aí a variante VOC Gama (P.1) tornou-se predominante no estado todo”, comenta Glauber.
Como funciona
Todas as amostras usadas no estudo são provenientes do banco do Lacen/SC e coletadas por meio de testes do tipo RT-PCR realizados nos diversos municípios catarinenses.
A seleção é feita de forma aleatória, mas seguindo critérios epidemiológicos da Secretaria de Saúde, que se baseia nos indicadores de cada regional para garantir que a amostragem seja representativa do estado. Em média, 96 amostras são sequenciadas por semana.
Do Lacen, elas são levadas para a UFSC, onde é feito todo o processo de extração do material genético e preparação das amostras, que são, então, encaminhadas para a empresa parceira BiomeHub, para o sequenciamento dos genomas.
Os dados brutos gerados voltam para a UFSC, e os pesquisadores os analisam e comparam com bancos de dados públicos para determinação das variantes e mutações.
“Faremos as análises epidemiológicas junto com a equipe da Vigilância Epidemiológica do Estado e pesquisadores de Saúde Pública da UFSC. Pretendemos, a partir deste momento, ter uma ideia melhor sobre o comportamento das variantes em relação aos indivíduos, faixa etária, comorbidades e dados vacinais”, conta Glauber.
Os dados também são depositados em bancos públicos, além de abastecerem o site do projeto. O intervalo entre a realização dos testes de covid-19 e a publicação dos resultados é de cerca de três semanas.
O prazo inclui os cálculos necessários para a seleção das amostras e os processos de separação, preparação e sequenciamento.
